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      【柏恒科技小課堂】PCR反應(yīng)程序優(yōu)化之疾

      更新時(shí)間:2025-06-17      點(diǎn)擊次數(shù):145

      水之疾,至于漂石者,勢(shì)也"——《孫子兵法》。說(shuō)只要速度足夠快,石頭就能漂在水面。上個(gè)月我們聊了一下降低退火變溫速率(PCR反應(yīng)程序優(yōu)化之緩)對(duì)PCR結(jié)果的優(yōu)化,今天換個(gè)方向,聊聊如何把PCR反應(yīng)時(shí)長(zhǎng)進(jìn)行壓縮。

      在聊壓縮時(shí)長(zhǎng)之前,需先對(duì)試管(Tube)/模塊(Block)控溫;普通/快速模式幾個(gè)概念進(jìn)行簡(jiǎn)介。下面以柏恒Q9606為圖例進(jìn)行說(shuō)明。

      圖1

      模塊控溫:反應(yīng)升降溫時(shí),以模塊的實(shí)時(shí)溫度為準(zhǔn)。

      試管控溫:反應(yīng)升降溫時(shí),以反應(yīng)管內(nèi)試劑的實(shí)時(shí)溫度為準(zhǔn)。


      圖片2.png


      圖2


      圖片3.png


      圖3

      實(shí)驗(yàn)編輯完成后,點(diǎn)擊運(yùn)行按鈕會(huì)彈出提示框(如圖2),選擇快速模式還是普通模式。

      以圖3程序?yàn)槔f(shuō)明:

      快速模式:儀器運(yùn)行的升降溫速率為8℃/s,標(biāo)示升降溫速率的全額運(yùn)行實(shí)驗(yàn)。

      普通模式:儀器運(yùn)行的升降溫速率為4℃/s,標(biāo)示升降溫速率的半額運(yùn)行實(shí)驗(yàn)。

      不同的應(yīng)用場(chǎng)景選擇不同的反應(yīng)模式組合,下面來(lái)分享一下如何調(diào)試快速試劑的反應(yīng)程序。

      首先,儀器運(yùn)行設(shè)置選擇快速模式+模塊控溫的組合將反應(yīng)時(shí)長(zhǎng)進(jìn)行壓縮。其次,在總時(shí)長(zhǎng)不變的前提下合理分配循環(huán)段變性與退火延伸的時(shí)長(zhǎng)。最后,在其次篩選出可用反應(yīng)程序的基礎(chǔ)上進(jìn)行微調(diào),再一次縮短反應(yīng)段的時(shí)長(zhǎng)或在總時(shí)長(zhǎng)允許的條件下適當(dāng)延長(zhǎng)反應(yīng)段的時(shí)長(zhǎng)以達(dá)到的反應(yīng)效果。

      因?yàn)榭焖僭噭┧玫臄U(kuò)增酶相較于普通試劑的酶來(lái)說(shuō)有著更為快速的延伸速度,所以在設(shè)置退火延伸段反應(yīng)時(shí)長(zhǎng)時(shí)可以進(jìn)行大幅度的壓縮。在壓縮變性反應(yīng)時(shí)長(zhǎng)時(shí)須注意,因?yàn)檫x用的是模塊控溫,如果變性時(shí)長(zhǎng)過(guò)短會(huì)造成試劑的實(shí)際溫度不足95℃或95℃維持時(shí)長(zhǎng)不夠而造成模板的解雙鏈不充分進(jìn)而影響信號(hào)的積累,所以變性反應(yīng)段的時(shí)長(zhǎng)不宜過(guò)度。

      柏恒Q9600系列可提供最快8℃/sec的升降溫速率,且具備等溫差梯度功能(如圖4),滿(mǎn)足常規(guī)試劑開(kāi)發(fā)、檢測(cè)的同時(shí)也為快速試劑提供了一個(gè)很好的反應(yīng)平臺(tái)。



      圖4

       


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